我公司开具增值税发票.对方超90天未认证,对方交此税金,我司重开发票,如何入帐

这张超过认证期的发票你公司首先要做红冲，做账时就按照原先的分录，只不过金额都写负数；
发票重新开好后，再做一张和原先分录、金额一摸一样的分录即可。

计入企业营业外收入吧
借 银行存款
贷 营业外收入

于法无据。
对方本来就应该交此税金，如果是在发票总额之外再“交此税金”，那不如放弃认证抵扣，将原发票所含税金计入成本，这样最简单。
如果对方执意要求重开发票，可将退回原发票及对方意见（最好是书面的）送交主管税务机关，请示处理。

你可以拒绝再开！！！
对方估计不太懂税务常识 最简单： 放弃认证抵扣 免得费两遍事

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