一套账里有多个地区的业务,怎样将利润表按地区分开生成呢

你按部门做辅助核算吧，不仅利润表能够分开生成，连资产负债表都能分开生成，但必须所有的科目都作部门辅助核算，并且内部调拨时需作资金内部转划。
比如当A部门的库存移到B部门时，
作分录：
借：库存商品-A部门
贷：库存商品-B部门
借：现金-内部资金-B部门
贷：现金-内部资金-A部门

那要多建立几个帐套才行

把下面的门店全部做成核算项目
所有的损益类科目全部挂上面的核算项目
报表全部重做（按门店做，以核算项目区分）