怎么在服务器上执行ACL命令

基本跟acl没什么关系，是你的网站程序有问题，被sql注入了。或者是你的系统有什么重要的补丁没有打。
你要区别网站被挂马和机器中了木马这两个“马”的含义是不同的。
如果你能登进服务器的操作系统的话，最好扫一下机器有没有中什么木马。如果机器中了木马，你改什么都没用，而且很难完全杀净，建议重装系统。
至于acl，正常情况下用于提供web服务的用户是没有系统中其他目录的访问权限的。
通常为了安全，web目录不应该放在系统盘中。
你用于数据库连接的用户是不是权限太高了？