我是应届生，在学校签的协议，后去单位签了合同，几天后辞职了

没办法

你只能交违约金 因为你已经签了合同 就有了法律效力

你签的也太草率了吧，问问你老师有什么办法，
毕竟他见得多了

赶紧找一个新的单位。然后回原单位交违约金，拿户口，档案，还有解约证明走人，到学校办理改派，没别的办法。