国际货运代理到底属于运输业，还是服务业？

服务业。但是也可以做运输业。应该两者兼备吧。

货代属于中介，应该是服务业。船公司是运输业，两者所开具的发票是不同的！

货代就是代理，提供的是中介服务，介于委托人和船公司之间的。
船公司才是做运输业的。