合书丢失 对方那一份不肯拿出来 已经给了的钱怎么办

没关系的 起诉到法院 对方也不得不提供 拒不提供 就让其承担不利的法律后果

另外给了的钱 应该有收据什么的吧 可作为证据提交

这个没人办法。虽然你可以向法院主张对方有证据可以证明这个合同的存在。但是法院如果不支持你的话，那么对方是没有义务拿出合同的。而且如果从概率的角度来说。法院也不应当支持你这个举证方法。所以你很难拿出证据。
你付钱没有其它证据吗？
付钱有证据。返还财产也行。