现已编好系统主程序代码（使用的是C语言），使用什么工具可以将其集成成".exe"格式的可执行应用程序？

编译生成的就是exe文件
不过代码由于没有使用窗口函数一类的，所以没有我们所见到的窗口形式。
而只有dos界面，黑乎乎的。

要想有普通的窗口界面，得把各种窗口函数用上，在改许多东西，等等等等。
就是如此

你的问题我不是很明白
不过C 语言大多用VC6.0编译,其中会生成.exe文件.

在DEBUG文件里就自己生成.exe文件了。

有了目标代码，使用Link程序就可以了。