昆虫在蛹里面到底发生了什么？

问题提的够高深，一般人很难回答。
蛹期是昆虫生命活动中发生的剧烈变化，幼虫化蛹之后，在蛹里历经了原有身体组织溶解和成虫身体重新构建的十分复杂的变化，才可由体态与成虫的大相径庭破蛹而出成为成虫。

昆虫在结茧后经过两到三天化蛹，化蛹后开始休息蓄积能量，破蛹和破茧是成为成虫的关键。
你可参考 昆虫生理学或者解剖学

变态发育。由于基因的选择性表达和溶酶体的作用使幼虫发生了形态上的变化。