用虚拟机上网，网络监察部门能不能查到我的IP

当然能，你想干什么违法事情

你用虚拟机的IP根你直实主机的外网IP是同一个，是一样的

可以，如果是用NAT的话。
但如果用Bridged格式，就只能查到虚拟的IP地址。

这要看是不是想查你，如果想查你的话没有什么不可能，千万不要低估政府的能力，你能做到的政府也能，你做不到的政府还能做到，就算是你想不到的政府可能也已经做到了，要想人不知，除非己莫为，好自为之吧。