夸克~原子~分子~以太~质子~量子的关系？

夸克是亚原子微粒，构成强子，是理论模型，不是实验发现
原子是自然界物质的基本组成单位，也是化学反应的最小单元
分子由原子以化学键构成（也有人认为单原子分子直接构成了稀有气体），是保持物质化学性质的最小微粒
以太是希腊哲学家为解释天体运动的动力学原因而提出的一种无处不再的物质，后来西方科学家和哲学家赋予了它多种含义，最有名的是作为经典物理框架内电磁波的介质而具有绝对静止的绝对参考系的含义
质子是基本粒子之一，强子，构成原子核的微粒之一，电荷数1，质量数1
量子是一个形容词，表示以近代物理学中的量子物理规律运动的含义。也是一个名词，表示某个物理量只能不连续离散地取值，如能量量子

在不同的理论中有不同的关系，看你研究的是那种理论

夸克组成了电子 质子 中子等基本粒子
原子是由电子 中子 质子 组成
分子由原子组成
所以
夸克<质子<原子<分子

以太是以前经典物理学中光的传播媒介。以前的物理学没有认识到光的粒子性，认为光与声波类似，要有一个传播介质。以太就是物理学家想象中的光的传播介质。

量子并不是一种物质的概念，而是指物理量的离散取值。