在县医院已经看完病，钱也算清了，后来发现自己有新型农村医疗卡，是否还可以用

可以的，不过要办一下手续，要医院证明，还有村或者社区证明什么的，如果办理成功，会把保的钱退回来的

可以,你到社保局去办理

可以把医药费清单和诊断证明拿到合作医疗管理部门去报销的，诊断证明可以叫医生开一个，而且要盖章。