柯南的主线剧情目录

491 红与黑的碰撞 开始
　　492 红与黑的碰撞 血缘
　　493 红与黑的碰撞 绝叫
　　494 红与黑的碰撞 冥土
　　495 红与黑的碰撞 昏睡
　　496 红与黑的碰撞 侵入
　　497 红与黑的碰撞 觉醒
　　498 红与黑的碰撞 搅乱
　　499 红与黑的碰撞 伪装
　　500 红与黑的碰撞 遗言
　　501 红与黑的碰撞 嫌疑
　　502 红与黑的碰撞 洁白
　　503 红与黑的碰撞 决死
　　504 红与黑的碰撞 殉职
　　经典系列之一，赤井秀一的死一直不被柯南迷所接受。
　　509 红白黄色与侦探团
　　冲矢昴出场，又是一个神秘人物
　　510 柯南VS W暗号之谜
　　511 推理对决！新一VS冲矢昴
　　515 怪盗KID的瞬间移动魔术
　　KID出现，不知道算不算你所说的主线
　　521 杀人犯、工藤新一
　　522 新一的真面目与兰的眼泪
　　523 真正想问的事
　　新一出现，新兰之间的感情又有变化。
　　532 初恋的伤痕
　　533 呼唤过去的伤痕
　　534 新伤痕与吹口哨的男人
　　535 旧伤痕和刑警之魂
　　这个系列也比较好看，有关于佐藤和高木。
　　537 怪盗基德VS最强金库（前篇）
　　538 怪盗基德VS最强金库（后篇）
　　这个故事比较好玩，最后揭晓谜底的时候会比较吃惊。
　　542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
　　543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)
　　有冲史昂出现，柯南在试探他。
　　545 雾中尖叫的魔女(前篇)
　　546 雾中尖叫的魔女(后篇)
　　雾中的魔女，呵呵，看到结尾也会大吃一惊。
　　我觉得以上的值得一看，当然可能并不完全，有待更新~~

从491开始好说。lz也是龙珠迷和我一样(*^__^*) 嘻嘻……

491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）