仓库人员不按程序办理出入库手续，造成实物比帐目多，公司给予2000元的罚款，请问这是否合理？

账实不符了，应改处罚2000*2的罚款（这样都不多）
因为这个人是仓库管理员，他的职责就是时刻确保账实相符，否则他就可以回家了。

不合理，至于罚款，就根据每个公司的制度去衡量的，公司也只能做相应的处罚，只是形式不一样，金额已超过相关的法律规定，