学校的罚款制度违法吗？

根据《中华人民共和国行政处罚法》第15条规定：“行政处罚由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。”
学校不是立法机关，无权对不按时值日等行为制定罚款，罚款只有法律、法规和规章可以制定；罚款是行政处罚，学校不是行政机关，也不是法律规定的授权的具有管理公共事务职能的组织。因此，学校无权对学生进行罚款等行政处罚。

一方面，你所提到的这些，基本不是什么特殊的大问题，而且罚款似乎也是合理的。
另一方面，不论公司，企业，学校，都有权根据自已情况制度企业的规章制度，只要这种规章制作没有与现行的法律法规相抵触，也没有什么特别明显的不平等性的问题，那学校的这种制度基本上就是合法的，而且基本上可以说是能得到法律保护的，所以除非你有充分的理由认为学校的这种制度存在问题，比如某项制度对于大部分人来说根本就不可能实现的，而现在有这样的制度条款，那么就属不合理的，就不会被法律所认可。比如学校规定，职工上班时不允许上厕所，如果发现就要扣款，那么这样的规定虽然没有违返哪条法律条文的规定，但肯定这个规定是不受认可的。

如果内容不合法，就无效。