把给客户的增值税普通发票金额开大，然后收取手续费，企业本身会亏吗？为什么？

呵呵，问题别较广通，讲解如下：
1，普通票收3%的税，如你企业收的手续费达到这个点，企业就不会亏本；
2，如果你企业是小规模纳税人，且不想被认定一般纳税人的话，最好不要过多开票金额超出实际金额，因为达到了一般纳税人标准后（商贸企业年销售额80万，生产企业年销售额50万），会要求或者自动转为一般纳税人（17%税率），按一般纳税人交税。这样算来就会亏本。
3，纳税方面按正常办税手续办理即可！

看你手续费收多少了。至于纳税，按照票面金额计算