如何将Windows系统下的网站商城系统转移至LINUX系统下

先看你的网站商城代码是什么的。ASP 的就不要想了。
国内的商城代码大部分是 ASP 的。
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PHP + MySQL 的？
CentOS 安装，设置好。别忘了装 http 和 mysql 服务器的部分软件。
把数据库导出导入到这个新的系统上。之后网站所有数据也都复制到新的系统里面的 www 目录上。（没装过 centos ，不知道具体的位置，你可以搜索一下相关的资料）
之后简单设置一下新的网站就行了。

当然需要很多命令操作，我想对于一个服务器管理人员来说，找资料看看临时抱下佛脚应该是没问题的。

基本来说，迁移没有难度。但有可能你会遇到权限的问题。
最简单的解决办法是用 root 用户设置这个网站所有的文件为 0777 。但这样很危险，因为这是所有人都可以读写运行你设置的所有文件。服务器如果某个服务被黑，都可以直接改写你的网站代码。

其实我建议，你还是找专业人员帮你迁移为好，费用应该不贵的。

我记得这种网站代码，都有网站迁移的相关官方文章可以看。