如何分离分子量相同的单链DNA和单链RNA

甲醛变性凝胶电泳并不能区分相相同大小的ssDNA和ssRNA.因为二者长度一致，在凝胶中泳动速率也一致。

目前有可分离ssRNA和ssDNA的技术，我只是看过一个设想，但没有后续的实验报道。即使用纯化的SSB蛋白（就是单链DNA结合蛋白，其体内功能是DNA复制时结合解旋酶解开而成的单链DNA，防止复性）作为亲和柱固相，亲和层析DNA/RNA溶液，由于SSB能够特异性的结合ssDNA，因此能够分离ssDNA和ssRNA。

此外，如果不要求得率的话，直接用RNaseI处理即可获得ssDNA。

很简单的，不要把问题复杂化
如果单链的DNA与RNA分子量相同，那么他们的链长肯定不同，所带电荷也不同。这样，琼脂糖凝胶电泳就能将其分离。然后提取出来就行了
方法2
将其分为两份，一份用DNA酶充分消化，一份用RMA酶充分消化，得到的不就是一份RNA，一份DNA吗？
希望我的回答对您有帮助

方法1：DNA溶于苯酚，RNA不溶，故可用苯酚来沉淀，这是最简单的方法。
方法2.：利用吖啶橙的变色特性可鉴别DNA和RNA。吖啶橙作为一种荧光染料已被用于染色固定，非固定细胞核酸，或作溶酶体的一种标记。观察死亡细胞荧光变色性变化以及区别分裂细胞和静止细胞群体。虽然测定DNA和RNA含量时较难获得好的重复性结果，但该方法已被许多实验室广泛采用。

(RNA)甲醛变性凝胶电泳。

参见 http://virology.blog.sohu.com/41678197.html

所谓“单链构象多态性分析-sscp”。

最简单的,分成两份,一份加DNase I,
一份加RNAase A,还有要看这些DNA和RNA能不能配对,
如果能配对加后一分要加RNase H,而不是RNase A了高级一点的,HPLC,高效液相色谱。