我买了个50瓦的摩托车充电器,其中最高一档十四伏经过整流后的电压却是十二伏,能充十二伏的电瓶吗,

充电电压应该高于12v才可以。不过既然是充电器，就应该符合这个，有没有可能测量的有些误差或是别的原因。你既然有万用表，我建议你这样试试。
你将万用表串联在充电回路里面，就是将充电器的一端接电瓶的一端，另一端经过万用表接充电器的另一端，万用表放在直流电流档，注意极性。 有充电电流并根据电瓶容量差不多了，就可以了。这样你也可以大概知道你的电瓶配这个充电器充多久最好。不至于过冲或欠充。

能充十二伏的电瓶的

很可能是你那个地方电网电压太低，你可以在不同时段充电试试。比如下半夜电压就可能高一些。