名侦探柯南剧场版和我们平时看的普通柯南有什么区别

两者内容是相通的。

名侦探柯南剧场版从1997年首次推出，已经走过了13度春秋，现在已有十三部作品。剧场版在每年四月份都会推出一部，现在已出的剧场版有：《引爆摩天楼》、《第十四个目标》、《世纪末的魔术师》、《瞳孔中的暗杀者》、《通往天国的倒计时》、《贝克街的亡灵》、《迷宫的十字路口》、《银翼的魔术师》、《水平线上的阴谋》、《侦探们的镇魂歌》、《绀碧之棺》、《战栗的乐谱》、《漆黑的追迹者》 。在2010年4月份，新版的剧场版《迷雾中的狙击手》（据传）也会加入他们的行列。

漆黑的追踪者是到现在为止最新的。。。
柯南与用毒药将其身体变小的宿命之敌“黑衣人”的对决的故事，是继剧场版5之后柯南与组织的再次对决。它关系到柯南整部主线剧情的走向，所以柯南迷，就一定不能错过。《名侦探柯南》最新剧场版自从公布了制作消息以来，又把近两年来备受柯南剧场版摧残的柯南饭们的心吊了起来。本站10月底曾介绍过这部剧场版已经定名为《漆黑的追迹者》（《THE RAVEN CHASER》）、人们更愿意翻译成《漆黑的追踪者》），剧场版搬出了久违的“黑暗组织”，上一次出现是第5部《天国的倒计时》。今次的故事剧情主要讲述以东京为中心，发生了6件大范围的连续杀人事件。并且其中一个受害人说了一句：“七夕，京……”随后就死去。除了目暮警官、其他各县的刑警们，还有小五郎都参加了搜查会议。在机缘巧合之下，柯南偶然发现从会议场溜出的一位刑警乘上了一辆跑车。柯南瞬间愕然，“那辆车…。难道，是琴酒的！”这毫无疑问是“黑暗组织”中的一人乔装打扮进入会议场地，然后乘坐琴酒的跑车逃走。连续杀人事件的凶手毫无疑问是“黑暗组织”的人。故事在此刻一触即发!如果工藤新一还活着的事被琴酒知道了，不仅是新一，和他有关联的柯南和其朋友们也会被杀掉。知道事情的极度严重性后，柯南开始了单独搜查。

我先回答你第一个问题：剧场版的剧情和你所说的普通版是有一定的联系的，为后面的剧场版剧情做好铺垫也不是没有可能。
第二个问题：
引爆摩天楼
第十四个目标
世纪末的魔术师
瞳孔中的暗杀者
通向天国的倒计时
贝克街的亡灵
迷宫的十字路口
银翼的魔术师
水平线上的阴谋