有人用我公司的注册商标作为其企业网站实名，算不算侵权行为？

不一定。需要符合一定的条件才能认定为侵权。
简单的讲，需要求对方注册域名为恶意，且足以造成相关公众的误认，才能认定为侵权。

肯定算侵权的

是否侵权，还要比较指定使用商品与网站所经营或者展示的电子商务行为是否会造成混淆。

既然是你公司注册的，肯定是你公司合法。他人盗用犯法！

采取手段保护你公司的权益

网站属于42类！不知你的商标注册在哪个类别上！具体要看是不是受保护！
个人注册，提供个体执照跟身份证复印件
公司注册，提供公司执照复印件加盖公章
注册时间，两年-两年半左右，使用期限是10年
注册费用，1600

1要看你们有没有同时把商标注册成网站名称（商标分类中的第42类），如果注册了，对方侵权是100%的
2要看对方的网站所经营或者展示的商品或服务是否与你们的经营类似，是否会对消费者会造成混淆。 如果造成，即构成侵权。