为什么DNA测序的结果比目标片段长 《急 在线等》

来源:百度知道 编辑:UC知道 时间:2024/06/04 12:03:59
我的酵母菌PCR观察结果大小只有600bp左右,可是为什么送去“上海生工”测序完后得到的结果有752bp?而其我用chromas软件观察看到552后的曲线都很乱。谁能帮忙解释一下是为什么呢

多出来的可能是你的载体序列,而且一般来说测序的结果在前100左右是不太可信的,一般测序的长度应该能到700—800的峰图都是比较好的。
不过不知道LZ你送的是什么?是PCR原液还是菌液?PCR的话如果在600左右看到一个大的A峰,就说明你的片段已经测通了,至于在那个A峰后边的东西就可以不用管了(如果PCR纯化做的好的话在那个大A峰的后会什么都没有的!如果做的不是很好在那个A峰后边的峰就会很乱,但已经不是你要的序列了)。如果是菌液的话你还是去和你的序列比对下吧!
不过从LZ说的来看片段只有600左右,而峰图在552后就乱了那应该是已经把你所需的片段测通了!你可以去和你原始的序列比对下,至于多出来的有可能是你的载体序列,或者是一些什么别的东西,总之多出来的你就可以不用管了^_^

测序时需要用一定的引物,会导致片段增长;测序开始和结尾的结果都不是很准确,尤其是用chromas软件看时,开头的十几个碱基曲线还勉强,末尾的就全是套峰,不可信

You should find out the exact sequence you desired to PCR, and what is the sequence comes out from your sequencing reaction. Comparing those two will reveal what is the difference and why you have longer fragment.

第一,PCR产物的大小是怎么确定的,正确的确定大小的方法应该是下载相应的参考序列并将之与对应引物拼接起来,直接就能看到扩增产物的大小了,如果简单的用电泳检测的话,电泳时间足够长且胶浓度比较合适才能得到比较正确的结论,否则电泳的结论相对是比较粗略的;第二,生工给出的结果问题,生工给出的测序结果应该是长毛细管电泳的结果,他不会在你的样品电泳结束的时候停止测序仪,因为在一个批次的测序中不光有你的样品,其他人的样品可能会超过700bp,这样你的序列看上去就不会是你预计的长度;第三,判断一个序列结束的基本条件是序列峰图的末端会出现连续的几个A,且最后一个A的峰高明显要高出峰图中其他的峰,如果你的测序模板质量足够高,那么在这几个A后将不会再有杂峰出现;第四,用chrom