我妹妹1988和妹夫同居,没登记,后来生有一男一女两个小孩;请问我妹和我妹夫的关系算不算事实婚姻?

不是事实婚姻，只是同居关系，所以你妹妹不是合法继承人，但同居期间的共同财产应当进行分割，同居期间的财产分割，除去你妹妹的部分后，才是你妹夫的遗产。
同时应当注意的是，你妹妹虽不是继承人，但你妹妹的子女是你妹夫的第一顺序继承人，当然，你妹夫的父母也是第一顺序继承人。在没有遗嘱的情况下，上述四人可以对你妹夫的遗产进行分割

当然算了不管有没有证

要看看男的家里还有什么人，没结婚，父母是第一继承人，没有父母就是孩子是继承人，现在国家不承认事实婚姻了，

只要能有邻居说或觉得他们两个是夫妻关系，那就肯定是事实婚姻，你妹能成为合法的继承人。