空之轨迹FC选择跳过动画在游戏进行中的视频还能看吗

不能，那些进入新地图的场景动画都没了。
游戏中有很多进入新地图的全景画面都看不到了，那些画面很精美，但不影响你游戏。
还有一些是剧情画面（比如：追击飞行船），没有那些画面不影响游戏，但是···反正有点怪怪的感觉。就像吃饭，你拿筷子夹菜，下一秒直接飞进嘴巴~~~~~~~

应该能看吧，游戏中的动画和片头的不是一个类型的。

个人经验
空轨这个黑屏的问题还是挺常见的了。（不过，话说FC最常见还是在最后的时候黑屏的。）
也是有很多人说可以关掉动画，就可以顺利进行的游戏的，这也是其中一个解决方法。当然关掉了动画，基本上后面的动画应该也是看不到的了，毕竟关了嘛。
就个人了解，楼主之前都能很好的运行游戏，那么有可能是视频解码有点问题了，电脑这东西有时候还真难搞懂。
建议楼主重新安装一下视频播放器，或是换一个视屏播放器看看。
或者楼主也可以上网上去下载那些达人修正了的动画。（SC是有的，fc的话，多找找吧）
以上也是个人的经验，希望能对楼主有用，也祝楼主早日解决问题。