请问,win2003 系统的IIS里,网站与虚拟目录的区别!

你想问的是目录与虚拟目录的区别吧？
虚拟目录也可以是子站点，隶属于网站下面。可以这么理解，目录就是在站点下面的一个文件夹，而虚拟目录，只是在IIS上做映射，可以映射到任意一个硬盘目录。
如果在IIS里新建一个站点。默认路径，是在c:\Inetpub\wwwroot的话，新建一个目录，或者子站点，如名字为bbs，他的所在位置就是：c:\Inetpub\wwwroot\bbs，而建一个虚拟目录的话，你可以映射到硬盘任意位置，比如：d:\www\bbs，虽然在IIS中，映射后的介绍是隶属于位于c:\Inetpub\wwwroot位置的主站点的，但是，在硬盘上，却是可以分开的。