请问总公司与分公司是怎么纳税的,分公司在所在地纳税后，利润上交总公司的部分，总公司是否还要再纳税？

有三种情况，总公司，分公司，子公司。
分公司的利润在汇回母公司的时候，不用缴预扣税，只需按当地的所得税缴款，在利润回到母公司的时候，只需在按所得税差异补交，如果分司的所得税高于母公司，则不退多余的部分。
而子公司在把款汇回母公司的时候，除了缴所得税以外，还要缴预扣税。子公司的盈亏与母公司没有关系。也就是说子公司自负盈亏。

一般情况下，如果总公司和分公司税率一致，分公司纳税之后上缴总公司的利润，总公司便不需再纳税；如果分公司税率低于总公司所在地税率，总公司需补交差额。