关于程序的问题呢

授之以鱼不如授之以渔。

先说说为什么在 /开始/ -> /程序/ 里的东西丢了，却仍能正常使用？
其实，Windows给我们提供的这个开始菜单就是一个快捷方式的集合，所有程序的快捷方式都会列在这个菜单里。

有几种可能会导致这个后果：
1. 帐户：WindowsXP作为一个多用户操作系统，对不同的用户组赋予了不同的权限，也会分别对待。所以如果你以另一个用户的身份登录系统，就会像是进入一个新的操作系统一样。
设置：进入到这个目录 C：\Documents and Settings\ 这保存了你这台机器上登录过的帐户信息，默认的应该有 Administrator，All user，Default user 这三个，如果你不是用 Administrator 登录，还会再有一个你自己命名的帐户文件夹。你要做的就是把你以前一直在用的那个帐户的文件夹里面的 /桌面/、/【开始】菜单/、/XXXXXXXX的文档/、/收藏夹（或Favorites）/ 复制到 /All User/ 文件夹下覆盖就行了，可以使你以任何用户登录都看到一样的界面。
或者恢复用你以前的帐号登录。
2. 删除：如果被删掉了，没办法，从文件夹里把他们找出来，建快捷方式，统统存到 C：\Documents and Settings\XXXXXXXX（用户名）\【开始】菜单\ 就行了。

你用的是绿然软件吧，就是不需要安装的那种，
一般来说在重新安装了系统以后要重新安装很多程序，在安装时会在开始，程序中填加文件夹，如果说你用了绿色软件，就不用安装了，所以在程序里也就看不到了，你可以自己手动填加，

我认为你是进入了多个用户，有些程序只有安装程序的那个账户才能看见，其他账户可以使用，但是看不见。

同意楼上的 还有可能关闭了不用的程序

开始里面存放的快捷方式，只是方便你启用你的程序。可以在C:\Documents and Settings\user\「开始」菜单\程序 里添加程序的快捷方式