大家好,我有个专利,有个上海人想与我合作,他不想以付入门费的方式,而以利润分成的方式,

可以。只是一种专利许可合同而已，不必成立新公司。合同内容就是你许可他实施专利，他以利润的一定比例作为专利使用费。

不过合同里面你要明确你查账（不定期，有限次数）的权力，并且由他支付相应费用（交通、住宿等）。
另外，可以在合同里面约定利润目标并且定期考察，一旦达不到目标就可以终止合作（专利许可）——如果他真的不赚钱，自然会终止；相反，他必须达到目标才可以继续获得你的许可，你就有了基本保证。

你最好让他付每年多少的专利费，这样最省心了。减少纠纷，况且你自己又不参与经营。查帐的话肯定查不出的。不偷税漏税企业怎么赚钱啊。到时帐上不是亏就是可怜的一点点利润。