我是个人代理保健品的，公司给我开的增傎税发票，我该如何处理，那能计入我的成本吗？

有些可以低扣的

可以是可以算进成本，不过你购买商品的成本就大了！为什么呢？因为对方开具的是增值税专用发票，也就是在你购进商品的同时缴纳了17% 的进项税。作为小规模纳税人，进项税是不能抵扣的。
建议 ：要求其开具普通发票。只是看他们嫌不嫌麻烦，其实他们买普通发票很简单 。

建议以后要求对方开具普通销售发票。国为你不具备一般纳税人资格，不可以拿增值税发票作为抵扣。