为什么智能ABC里面打这个嗯字是不用EN而是用N88?

按正确的读音和智能ABC约定的笔划编码，的确应该是n88而不是en。
因为智能ABC输入法和其他许多拼音输入法为了计算机处理的方便（比如音节里一定要有元音字母，划分音节就容易一些）和迁就一些人的习惯错误，“嗯”、“唔”等字并不是按照正确的读音即一个单纯的鼻音“n”、“ng”录入，而是按完全的韵母“en”、“eng”处理。
在《现代汉语规范词典》的编纂中，也曾因为迁就这种不正确的注音方式而引发争议。

下面再摘一段微软拼音帮助文件中的说明，可以解决你的疑惑。

声母和韵母

微软拼音输入法采用的汉字标音方案遵照1958年2月11日第一届全国人民代表大会第五次会议批准的《汉语拼音方案》。为了在键盘上的实现方便，微软拼音输入法用字母v表示ü。此外，《汉语拼音方案》中一些特殊发音汉字的标注在微软拼音输入法中也采用了不同的记法。微软拼音输入法与《汉语拼音方案》的不同处如下表所示： 汉语拼音方案 微软拼音输入法
ü→v
诶 ê→ea
噷 hm→hen
哼 hng→heng
呒 m→mu
嗯 n, ng→en