在乡镇内与医院签订合同开设分设医疗机构出现医疗纠纷时当地卫生局不承认此合同这件事合理吗请高人解答！

其他的没用，你有行医执照吧；

你的诊所开设有办理相关手续吧，即使分支也必须办理必要手续的，别说没有啊；

你在医院开工资，那么你在医院财会有记录吧，你领工资有工资条或者工资卡吧，最起码你上缴所得单位得给你开收据吧；

总之，楼上列举的基本比较全面了，你应承担一定的责任是肯定的，就算证明你不是非法行医，但是事故的责任你个人也有部分要承担，只是责任大小的问题。所以你尽力搜集可以说明你个人和你的诊所是属于医院的就可以了，尽量减轻你个人的责任。

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如果你所在的医院不承认你的门诊部是属于他们的分设机构，你确实属于非法行医要承担所有的责任，如果承认属于分设机构，那么他们要替你承担医疗事故责任。
如果事实上是分设门诊，不是简单的口头不承认就可以否定的，你可以收集下列证据证明：
1、当时开设乡镇卫生院的分设门诊，医院和上级卫生部门的文件，或会议记录。
2、你和卫生院签订的分设门诊承包管理的协议。
3、你上交卫生院的承包款收据。
4、卫生院发给你的药品、医疗设备的清单。
4、以及卫生院对你门诊部的指导检查记录，平时的日常管理规定的文件。
有这些资料就可以证明你是分设机构，事故责任必须由卫生院先承担。
至于，卫生局不认可分设门诊的合法性，这不影响卫生院的责任承担，因为非法设立分设机构的行政责任在卫生院，因为非法设立门诊所造成的后果，作为法人的卫生院仍然要承担责任。

除了楼上说的,补充点:你的诊所在经济上是独立的还是完全归属医院?后者由医院承担责任,前者最终由你承担.

乡卫生院的性质是公立的，是医疗、预防、保健活动的综合体，向全乡居民提供全面的初级保健服务，同时还要协助乡（镇）政府管理全乡的卫生事业。一方面要认真做好院内的治疗工作，另一方面要面向全乡开展卫生防疫、妇幼保健、爱国卫生运动、计划生育技术指导、地方病防治、医疗市场管理等工作。治疗工作一方面为所在乡镇的初诊患者提供初级诊疗服务，另一方面为周围各村的转诊患者提供二级诊疗服务。

乡镇卫生院不允许设置以盈利为目的的分设门诊，更不允许承包，既然你与卫生院有合同，卫生院应该承担责任，但在你要求