毕业后，户口迁移证没能及时迁过去，已过期三年多，该怎么补办户口？

没问题的，可以继续办理，按正常程序尽快去办吧。

关于这个事情，你有两种方法供您参考：
1、到学校附近您户口（集体户口）所属派出所那里，拿相关手续（学校证明等等，由学校出，可能要花钱。）办理变更手续（迁出日期等），然后在有限的时效内迁入原籍即可。
2、到户口原籍所在地，找当地派出所户籍办理处，花点周折让其处理也可以。（这个方法我同学就是这样办成的）