专利侵权的问题

1.不管合同上如何约定，楼主并没有在合同签订之日起3个月内到中国专利局进行专利权人变更，所以99年专利的专利权人还是楼主本人而不是公司。这样看来，合同相当于一个许可合同，由公司排他或者独占拥有该专利的使用权。如果是独占许可，那么专利权人本身也不得使用该专利，但如果是排他许可，则不排除专利权人继续使用该专利。建议楼主再研究一下当年的合同。

2.06年申报的新专利应该属于公司，这倒并不是因为03年与其他股东签的那个协议的缘故。06年进行的改进属于职务发明，是楼主在公司任职期间从事的与本职工作有关的发明创造，按照专利法的规定，这属于职务发明，单位享有申请专利的权利。所以应该属于公司。

你可以找律师咨询一下.

1。不属于，放心把！
2。你的专利从头至尾都是属于你自己的，你的公司只有使用权，也就是说你将此专利授权给公司使用， 但若你们经历的不是唯一许可的话，还可以将专利授予其他主体使用，你收取专利费，没有问题；
3。无论在何基础上改进形成的专利产品，只要取得了新专利资格，就与之前的专利脱离了关系，之间不存在任何联系，更于你的公司无关了，它是只属于你的，放心！

希望可以帮到你，祝你好运～

你原来的协议本身就是矛盾的，合作双方会按照对自己有利的方向理解。
看你的介绍，新专利基于旧专利，即必须使用旧专利的技术，那公司就不再是独占旧专利了，会对公司造成损害；从法律角度看，你原来的协议至少可以相当于独占实施许可，是不能允许再向其他人（包括你自己）许可实施的。
而且从你描述看，公司合作还是比较顺利的，建议你不要冒险损害这种良好的合作关系。

比较好的方式是，你将新专利投入公司，相当于增加自己的投入。如果其他股东实在不同意，你再考虑其他途径（例如强制实施）。

告他们

我同意把专利投入公司做为你的知识产权