我04年9月北京办的B本,但是我的身份证是南京的

当然是在北京年审了，同时你也可以利用这次机会向北京申请落户到南京。但南京可能会要求对你重新考核，地方规定不一样，南京怕的是你在北京的B本有水分。具体的你可以向南京车管所询问。

驾照在北京领的，你所有相关手续都在北京办理。

北京

你驾驶证的档案在哪里就到哪里体检。