上级主管部门是否有权注销具有法人代表的二级下属公司？

上级主管部门？指工商行政部门？
是的话他当然可以依法注销，前提是公司有违法行为。
如果你指母公司的话，他当然也可以要求解散子公司。因为一般情况下母公司都是子公司的最大股东。

你们是国有公司,那么一般情况下代表国家对企业进行管理的是同级人民政府.
公司的破产,解散也得由政府来决定.在没有相关授权的情况下仅是政府的某行业主管部门是不能要求公司破产或解散的.