我知道R=8.31J/（mol·K）中8.31的来源了，但是它的单位中怎么会有能量单位“焦”呢

在平衡状态下，描写气体状态的参量p、V和T之间的关系叫做气体的状态方程。理想气体的状态方程为pV=MRT/μ，M和μ分别为气体的质量和摩尔质量，R为普适气体常数，它的量值与状态参量的单位有关。在国际单位制中，压强的单位为Pa（即 牛顿每平方米)，体积的单位为立方米，温度的单位为K，R的量值为 R=8.31N·m/（mol·K）。
再看看J是怎么来的。若物体在恒力F作用下，沿直线方向移动了位移Δr，力与Δr的夹角为θ，则定义力F对物体做的功ΔA是 ΔA=F|Δr|cosθ
功的单位J=N·m（即 牛米）
这样就可以清楚的看到R里面的J是怎么来的了。