同样都是药士资格证书，为什么卫生局不承认药监局颁发的

同样都是药士资格证书，卫生局不承认药监局颁发的是因为两者之间管理的领域不同，有利益冲突。
　　执业药师，或称药师，是负责提供药物知识及药事服务的专业人员。药剂师是药物的专家，同时是解答市民大众有关药物问题的最适当人选。药剂师负责监察医生所处方的数种药物中有否出现药物相互作用；并根据病人的病历、医生的诊断，为病人建议最适合他们的药物剂型（如：药水、药丸、塞肛药等）、剂量（如：老人、肝病或肾病患者或需根据病情而将服药的份量提高或降低）；同一时间，他们亦会教导病人服用药物时要注意的事项和服用方法。同时，也有同名歌剧和电影《药剂师》。
　　药剂师主要在医院药房，医药公司，零售药店，政府部门里工作。
　　其工作职责包括：在药房工作的药剂师主要按照处方为前来抓药的顾客配药，并且向顾客说明如何服用等相关事项。

两个不属统一单位管理，目前国内管理职权界限不清，各部门井水不犯河水，导致你所说的，互相之间不认同某些文件。

这是当然了
药监局认可药士/药师/主管药师等医药系列的职称

而卫生局认可的是医师/副主任医师等卫生系列的职称
就是说卫生局也不可能认可经济师一样