企业购入的设备同材料开在了一张增值税发票上，如何处理？

“沉香屑第二炉香”所说没错，这样处理在纳税申报时增值税纳税申报附列资料（表二）也可以正常的填报。
借：原材料 [价款]
借：固定资产 [价款]
借：应交税金-应交增值税（进项税额） [固定资产和原材料的全部税款]
贷：银行存款或其他相关科目

借：固定资产 [固定资产税款]
贷：应交税金-应交增值税（进项税额转出） [固定资产税款]
贷：银行存款或其他相关科目

这种情况下，最好是可以退回给对方公司，要他们分开开，否则该发票你们是不能抵扣的。
如果不能重开发票，那么材料对应的进项税也不能抵扣，要一并计入材料的购入价值
借 原材料
贷 相应科目
同时
借 固定资产
贷 相应科目

先全部抵扣，然后再把固定资产那部分税金通过进项税转出，我们公司这样处理过

退回重开