我是否还是要付法律责任呢

挪用公款，的确是一种犯罪行为。（与公司的性质无关）
现在你的处境蛮尴尬。建议拿公司欠工资的证据，找当地劳动部门申诉，现在对劳资管理上面还是蛮到位的。

我是专门从事刑事辩护的律师.辩护过不少挪用公款的案件.不知道你是哪里的案子.根据刑法规定和我的办案经验,公司的说法还是有法律依据的。建议慎重对待，尽早委托专业刑事辩护律师介入提供法律帮助和辩护。祝你好运.
下面是我办理过的一个劳动部的领导挪用公款的案子的资料和辩护词,你可以看看.

http://article.chinalawinfo.com/article/user/article_display.asp?ArticleID=32631

http://article.chinalawinfo.com/article/user/homepage.asp?UserId=118

你可以查一下刑法，再对照一下你自己的相关情况，首先挪用数额、时间长短、挪用的用途对你行为的定性都很关健，还有提醒你一下，你（暂且说）剩余的赃款和公司拖欠你的工资是两回事，两个法律事件，不能混为一谈。该主张的权利你不能放弃。