企业亏损了40万

企业是可以在亏损年度后的5年内用税前利润补亏的，当5年结束，仍未弥补完，也要先纳税，才能再补亏了。
如果照您说的税法上合算您应该交税，即使会计利润为亏损，也得纳税。

如果你是查帐征收企业所得税的(按利润交纳),亏损就不要交了.

不一定要交，如果你是查账征收的企业，明年年初会进行所得税汇算清缴，在汇算清缴中会让你按税法规定进行调整应税利润，如果调整后利润变成正的了，则要交税。