销售合同与发票不是一个章，如何入帐，

估计你说道是合同章与发票章的抬头不是一家公司吧
要是公司要求严格呢，是不允许的。但解决办法可以由合同单位出具三方协议，说明将合同内容中的工作交给发票抬头的公司做，然后三方盖章
要不就只把发票入帐，合同自己留着看

是指不同公司名还是指公章与发票专用章。
同公司名的不管是公章还是发票专用章是可以的。