有关商品房的法律问题

从你讲的情况初步来看,你们的补充协议应当是有效的.如果超过期限没有办理,则属开发商违约,你可以要求对方履行协助办证义务并承担违约金,也可以要求解除商品房买卖合同,因为这么长时间无法办理产权证,已经达到了最高人民法院相关规定中解除合同的条件.
建议你及时采取措施维权.

对于超过约定期限而不履行合同义务，楼主可以主张解除协议，使得协议归于无效，并要对方承担违约金或是继续履行义务（办房产证）。