会计科目二级明细可否按单位设明细三级科目按会计制度规定的二级科目设置

可以，但是你自己使用方便吗？

我国的会计制度规定，一级科目必须使用国家统一的,二级以下可以自己酌情制定.
从你的问题看，你需要对部门费用管理考核，如果手工记帐会很辛苦。如果使用财务软件，建议二级科目仍使用国家规定的科目，对于部门可以设置部门或项目辅助管理，使用部门（或项目）-科目帐查询即可，如果需要经常提供固定格式相关数据，可以根据需要设置自定义报表。在我使用过的财务软件中的用友、金蝶、浪潮甚至速达都可以很轻松地达到目的。

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