人体内的一切活动都是由大脑指挥的吗?

不是，大脑只是神经中枢的一部分，还有小脑、脑干、脊髓等神经中枢。而且不是神经中枢指控所有活动，大多情况下神经中枢只起调节作用例如激素的分泌，激素在体内也会指挥一些活动。
从细胞角度看，细胞的活动有各种信号指控，其中神经信号只是其中的很少一部分。

有些不是，比方说有个东西扎了你一下，你会局部激灵一下
那是骨髓反映