我想问一下,我们每月工资1000,但迟到一次就扣50元,这样的处罚合不合理?

不合法。

国务院《企业职工奖惩条例》规定：职工罚款的金额由企业决定，但不能超过员工月工资的20%。还需要强调的是，罚款后员工工资余额不得低于最低工资。
象你说的这种情况，如果一天罚200元，企不是被罚5天工资就没有了？

单位的这种制度是违法的，你们可以向动监察部门（设在劳动局内）投诉。