软件企业工资据实列支和超过12万自行申报个税有什么关系啊？

不是一回事。
企业工资据实列支，指的是企业发放的工资可以全额在企业所得税税前列支，于个人所得税没有关系。

你的工资由企业发放，已经代扣代缴了个人所得税，所以你的工资已经是税后工资了。但是根据国家政策，由于你年薪超过12万元，所以在今年年初向税务局申报你全年的收入情况，然后由税务局根据你申报的收入，和你们企业已经给你代扣代缴的个人所得税进行比较，看你是否存在少交或多交个人所得税的情况，多退少补。不是说要你另外再次缴税，只是对高收入的人的收入和税金情况进行一下核对，以控制税源，防止偷漏税的情况。