我的机子系统用的是FAT32，其它分区用的是NTFS，这样有什么问题吗？

没问题,我单位好多电脑都是这样,一台电脑2种格式的分区,没关系,坏不了
补充:
NTFS相对来说比较稳定一些,运行速度也稍微好一些,当然还是提倡使用NTFS格式的,但是如果你要是懒的格式化也无所谓,没什么太大的感觉,FAT32也很稳定的,以前没有NTFS的时候大家不都用FAT32吗,最早还只是FAT

坏不了,但是运行速度慢.

没事的，直接把C盘格式化,不会影响别的盘符的

C盘的格式没有问题，NTFS比FAT没有多大的区别，只是多了一些保护和限制分区的功能，其它盘的数据只要不会乱删，或者格式化是不会丢的，这种情况很常见，没必要在意。

对，只不过在DOS里面好象是格不了盘的。盘幅不对，我也不知道，不用管他，没事的。