出口食品企业应办什么手续？

最重要的，是要去所在地出入境检验检疫部门办理注册手续，因为食品出口肯定需要涉及商检环节的，所以这个是绝对要办的一个手续。
另外有一个海关备案手续则根据你的需要了。如果你只是作为生产加工企业，那么这个手续可以不办。如果你是自营出口，那么肯定要办的，因为只有办了这个手续你才有报关权，可以直接以自己的名义出口商品。
还有去所在地的外经贸部门办一下注册登记，防备万一。因为如果你参与了加工贸易的话，办理免税手册是需要工厂提供加工能力证明的，这个证明需要外经贸部门出。
暂时只想到这写，再有想到的再补吧。