我在C盘和E盘里发现木马，要重装吗

把病毒杀掉就可以了。
如果E盘没有什么特别重要的东西或者很好备份的话重装一下是最好的，重装完之后最好先不要插上网线，等把防火墙或者是反病毒之类的软件装好之后再把其他的盘杀一下毒，确认防火墙都开着之后在上网比较好。
建议用卡巴斯基

看病毒名是木马类病毒,位置在C盘系统目录和E盘的系统还原目录,杀了就行了,应该不用重装

不用，c盘的，安全模式下打开瑞星，杀；e盘的——关闭系统还原，注销下，再打开系统还原。