医疗器械经营企业和医疗机构有什么分别呢？

医疗器械经营企业是具有国家相关部门颁发的二三类医疗经营许可证的企业,不具有诊断治疗的资格.只是可以经销相关的医疗器械.
医疗机构是其中有一定资格的医生,有相关的职业资格,并且有相关部门(卫生部门)批准,比医疗器械经营企业要严格的多.

企业的概念与基本职能
企业，一般是指在社会化大生产条件下，从事生产、流通与服务等经济活动的营利性组织。
对企业概念的基本理解。
(1) 企业是在社会化大生产条件下存在的，是商品生产与商品交换的产物。
(2) 企业是从事生产、流通与服务等基本经济活动的经济组织。
(3) 就企业的本质而言，它属于追求盈利的营利性组织。
企业的基本职能就是从事生产、流通和服务等经济活动，向社会提供产品与服务，以满足社会需要。
工业企业的基本职能：通过工业性生产活动，即利用科学技术与设备，改变原材料的形状与性能，为社会生产所需要的产品。
商业企业的基本职能：通过商品实体转移或价值交换，为社会提供所需产品或服务。

医疗机构是指为病伤人员诊断治疗的机构。按其主要功能可分为：以诊疗疾病为中心的机构，如医院、门诊部、诊所、医务室等；以预防疾病为主体的机构，如妇幼保健院、结核病防治所；以康复疗养为重点的机构，如理疗疗养院（所）。此外，还有急救中心。我国所说的医疗机构一般是指医院（包括职工医院）、诊所、医疗所、医务所等。
为你看诊的私人门诊部应当属于医疗机构范畴，所以其所开出发票上的图章当然要为医疗机构财务章才合情合理，但是现在发票上所盖图章却是“医疗器械有限公司的字样，证明这家门诊部所开具的发票明显不合理，不能把两个不同性质的单位混为一谈。

先看一下他们的营业执照里,经营范围有没有关于治疗之类的项目

没有的话,可以保存发票等证据,向有关工商部门进行举报