柯南 425 之后……

429 430 不能回来的两个人——本堂瑛佑第一次出场并关注柯南
446 447 被封印的欧式窗户——本堂瑛佑再次登场，柯南为了躲开本堂的怀疑利用山村破案
462 463 464 465 黑暗组织的影子系列——主要以本堂瑛佑为线索，同时还有组织和FBI登场，水无玲奈一直没有醒来，而组织也始终找不到她的踪迹，同时琴还说了曾经有个混入组织的人最后被kill（水无）在生死一线时杀了，而那个人姓本堂
后续（漫画中）：
柯南在若干年前某张在大阪拍的照片中看到个很像水无的女人，就让服部帮忙调查，调查到一个男人可能是“company”（似乎是CIA）的人，还辗转拿到一张那个男人和他的儿子的照片，那个儿子似乎是本堂瑛佑，柯南认为Kill是为了调查什么人而整容成现在的样子。（似乎本堂瑛佑的父亲就是那个混入组织最终被杀害的人）同时后面还确定了水无玲奈并不是本堂瑛佑的姐姐，但是水无自己说过自己有个弟弟，反正现在73属于拨开云雾的时期，有一些疑团在解开，同时还有很多啦

462 黑衣组织的魅影 年幼的目击者
463 黑衣组织的魅影 奇妙的照明
464 黑衣组织的魅影 谜一样的高额报酬
465 黑衣组织的魅影 珍珠般的流星

动画没看那么多，but漫画里一直到现在没有黑衣组织正面出现，但那个很像水无怜奈的瑛佑很受关注，他爹是中央情报局的人，她孪生姐姐和水无一模一样